L'Orto Botanico di Brera, nell'attuale configurazione, fu istituito nel 1774 quando Maria Teresa d'Austria stabilì che l'ex giardino dei Gesuiti diventasse un'istituzione con finalità didattico-scientifiche per gli studenti di medicina e farmacia. In quel periodo venne privilegiata la coltivazione di piante officinali anche per il parziale rifornimento della Spezieria di Brera, destinata al servizio pubblico della città.

Fin dagli esordi l'Orto ha avuto un forte carattere didattico-formativo. Da allora ha subito alterne vicissitudini fino al 1935 quando viene annesso all' Università degli Studi di Milano che tutt'ora lo gestisce.
Con il restauro conservativo avvenuto nel 2001 è stato ripristinato l'impianto originario. Il giardino, testimone della memoria del tempo, è stato quindi riaperto al pubblico e giornalmente accoglie scolaresche di ogni ordine e grado.

Tra gli esemplari più belli ci sono due  ginkgo biloba tra i più antichi d'Europa, un tiglio alto 40 metri, un noce del Caucaso. L'Orto svolge inoltre il ruolo di luogo per la tutela della biodiversità e delle specie rare. Dal 2005 è riconosciuto dalla Regione Lombardia come istituzione museale.